Les huîtres perlières sont un animal aquatique important au Japon, produisant de belles perles recherchées pour les colliers, les boucles d’oreilles et les bagues. Au début des années 1990, cette industrie aquacole rapportait environ 88 milliards de yens par an. Mais, au cours des 20 dernières années, une combinaison de nouvelles maladies et de marées rouges a vu la production de perles du Japon chuter de 70 000 kg par an à seulement 20 000 kg. Aujourd’hui, des chercheurs de l’Institut des sciences et technologies d’Okinawa (OIST), ainsi que de nombreux autres organismes de recherche, dont K. MIKIMOTO & CO., LTD, le Pearl Research Institute et l’Agence japonaise de recherche et d’éducation sur la pêche, ont construit un haut- monter. – un génome à l’échelle chromosomique de l’huître perlière, dont ils espèrent qu’il pourra être utilisé pour trouver des maladies résistantes. Une recherche publiée récemment dans Recherche ADN.
“C’est très important d’arrêter le génome”, a déclaré l’un des deux premiers auteurs, le Dr. Takeshi Takeuchi, scientifique à l’unité de génomique marine de l’OIST. “Les génomes sont la constitution génétique des organismes – dont beaucoup sont essentiels à la survie. Avec le séquençage complet des gènes, nous pouvons faire plus de recherches et répondre aux questions sur l’immunité et la formation de billes. “
En 2012, Dr. Takeuchi et ses collègues ont publié le génome de l’huître perlière japonaise, le tableau est peint, qui fut l’un des premiers génomes de mollusques assemblés. Ils ont procédé au séquençage du génome pour établir un assemblage génomique de haute qualité au niveau des chromosomes.
Dr. Takeuchi a poursuivi en expliquant que le génome de l’huître est composé de 14 paires de chromosomes, un ensemble hérité de chaque parent. Les deux chromosomes de chaque paire portent presque les mêmes gènes, mais il peut y avoir des différences subtiles lorsque différents répertoires de gènes contribuent à leur survie.
Traditionnellement, lorsque le génome est séquencé, les chercheurs combinent deux ensembles de chromosomes. Cela fonctionne bien pour les animaux de laboratoire, qui ont souvent la même information génétique entre les deux chromosomes. Mais pour les animaux sauvages, où il existe un nombre considérable de gènes différents entre les chromosomes, cette méthode conduit à une perte d’information.
Dans cette étude, les chercheurs ont choisi de ne pas inclure les chromosomes lors du séquençage des génomes. Au lieu de cela, ils ont séquencé des chromosomes entiers – une technique rare. En fait, c’est probablement la première recherche axée sur les invertébrés marins à utiliser cette méthode.
Comme les huîtres perlières ont 14 paires de chromosomes, elles en ont 28 au total. Les chercheurs de l’OIST, M. Manabu Fujie et Mme Mayumi Kawamitsu, ont utilisé la technologie moderne pour séquencer le génome. Un premier auteur, le Dr. Yoshihiko Suzuki, ancien chercheur postdoctoral en algorithmes OIST pour la génomique écologique et évolutive et maintenant à l’Université de Tokyo, et le Dr. Takeuchi a reconstruit 28 chromosomes et a trouvé une différence clé entre les deux chromosomes de la paire – la paire de chromosomes 9. Plus important encore, bon nombre de ces gènes étaient liés à l’immunité.
“Différents gènes sur les chromosomes sont une découverte importante car les protéines peuvent reconnaître différents types de maladies infectieuses”, a déclaré le Dr Takeuchi.
Il a dit que lorsque l’espèce est transplantée, il y a généralement une espèce avec un taux de survie plus élevé ou qui produit de meilleures perles. Les éleveurs élèvent souvent deux animaux de cette race mais cela conduit à la consanguinité et réduit la diversité génétique. Les chercheurs ont constaté qu’après trois élevages successifs, la diversité génétique était considérablement réduite. Si ces variantes réduites se produisent dans des régions chromosomiques avec des gènes apparentés, elles peuvent affecter l’immunité de l’animal.
“Il est important de maintenir la diversité du génome dans la population de l’eau”, a déclaré le Dr. a conclu Takeuchi.
Cette recherche a été soutenue par une subvention du Bio-Oriented Technology Research Institution Project, un programme spécial pour la recherche avancée et le développement de technologies de nouvelle génération.
Ce qu’a dit le Pr. Shugo Watabe (professeur invité à l’université de Kitasato, professeur émérite à l’université de Tokyo)
Les perles artificielles ont été produites pour la première fois dans le pays il y a 130 ans par Kokichi Mikimoto au Japon. Aujourd’hui encore, c’est le deuxième produit de la mer le plus populaire au Japon, après les coquilles Saint-Jacques. Cependant, l’histoire de la perliculture au Japon a été une bataille contre les maladies du milieu aquatique. Les dommages causés par la maladie de la décoloration rouge, qui a été détectée en 1996, sont très graves. La production de perles de culture au Japon a considérablement diminué. Ces dernières années, l’industrie perlière a également été confrontée à des défis majeurs en raison de la propagation de maladies virales. Bien que les détails des causes des maladies et des obstacles n’aient pas été confirmés, il a été dit que la perliculture au Japon pourrait souffrir d’un déclin génétique dû à l’élevage d’huîtres perlières de haute qualité, ce qui rend difficile la réponse aux diverses conditions environnementales. . changement et l’apparition de maladies. Les résultats de cette recherche éclairent cette préoccupation de la perliculture au Japon, et elle est d’une grande valeur industrielle. Par ailleurs, de nombreux gènes impliqués dans le système immunitaire ont également été identifiés. Il fournit également des informations sur le secret de la formation de la perle elle-même et explique pourquoi l’huître perlière peut former une couche nacrée en réponse à un corps étranger apporté de l’extérieur. Les perles Akoya fabriquées à partir d’huîtres perlières japonaises attirent des gens du monde entier avec leur éclat unique et magnifique, qui n’est pas visible dans les perles fabriquées à partir d’autres types d’huîtres perlières. La présente étude devrait être le début de l’élucidation de la génétique de ce trait.
